การทานอาหารแบบคลีนนั้นการเลือกแหล่งโปรตีนเป็นเรื่องสำคัญ ถือว่าเป็นสิ่งที่จำเป็นที่ต้องทาน เป็นอันดับหนึ่ง โดยรองลงมาคือ คาร์โบไฮเดรต และ ไขมัน ตามลำดับ ซึ่งวิธีการเลือกแหล่งโปรตีน ควรเลือกโปรตีนที่มีไขมันดี โดยแนะนำให้เป็นอาหารทะเล เช่นเนื้อปลา สำหรับกุ้ง ปลาหมึก และหอย ควรควบคุมปริมาณ หรือ แหล่งโปรตีนไขมันต่ำที่มีราคาพอซื้อหาได้ เช่น อกไก่ ไข่ เนื้อวัวไม่ติดมัน เป็นต้น สำหรับไข่ อาจจะไม่จำเป็นต้องทานเป็นไข่ขาวเพียงอย่างเดียว แต่สามารถทานไข่แดงร่วมด้วยได้ เพียงแต่ยังต้องควบคุมปริมาณไข่แดง และควรคำนวนปริมาณโปรตีนให้เพียงพอกับที่ร่างกายต้องการโดยคำนวนได้ง่ายๆคือ ปริมาณโปรตีน 2.2 กรัมต่อน้ำหนักตัว 1 กิโลกรัม
หน้าที่หลักของโปรตีนคือ ใช้สังเคราะห์เซลล์ใหม่ รักษาเซลล์กล้ามเนื้อที่ถูกใช้งานไป ซึ่งนับว่าเป็นสารอหารที่สำคัญในการเสริมสร้างกล้ามเนื้อเลยทีเดียว โปรตีนไม่สามารถสะสมในรูปของตัวโปรตีนได้ ซึ่งเมื่อโปรตีนได้ถูกย่อยและนำไปใช้แล้ว ส่วนที่เกินก็จะถูกแปรสภาพเก็บสะสมในรูปของไขมันไม่สามารถนำกลับมาใช้เป็นโปรตีนเพื่อซ่อมแซม เสริมสร้างกล้ามเนื้อได้ นั่นคือเหตุผลว่าทำไมเราจึงต้องทานโปรตีนในทุกๆมื้อ ในขณะที่บางมื้อไม่ต้องทานคาร์บ หรือ ไขมันเลยก็ได้ โปรตีน 1 กรัมให้พลังงาน 4 แคลอรี่เท่านั้น